Skip to content

Zgodne dane dotyczące morfologii i ekspresji genów pokazują, że szczepionka zatrzymuje zmiany przednowotworowe HER-2 / neu ad 6

2 miesiące ago

742 words

(D) ekspresja p185neu jest znacznie zmniejszona i ogranicza się do cytoplazmy komórkowej w gruczołach wk22pb (x 1,000). Analiza mikromacierzy. Oceniano cztery sytuacje prototypowe: (a) gruczoły wkselntowe prezentujące wieloogniskowe zmiany przednowotworowe (b) gruczoły wk22nt z inwazyjnymi rakowymi rakami (c) gruczoły wk22pb, które wciąż wykazują preneoplastyczne zmiany gruczołu sutkowego, oraz (d) gruczoły z myszy wk2prg wykazujące znaczącą przerost związany z ciążą . Jakość ttlRNA wyekstrahowanego z wolnej od węzłów chłonnych tkanki sutkowej od każdej myszy oceniano na denaturującym żelu agarozowym. Repliki biologiczne generowano przez łączenie wysokiej jakości ttlRNA z trzech myszy. Pule te wykorzystano do syntetyzowania biotynylowanych cRNA do hybrydyzacji na 11 MG-U74A v2 Affymetrix, Inc. GeneChips zawierające 6000 sekwencji obecnych w mysiej bazie danych UniGene (kompilacja 74) i 6000 niekrewnionych ekspresowych klastrów znaczników sekwencji. Uderzające podobieństwo między profilami ekspresji genów gruczołów wk10nt i wk22pb zostało potwierdzone przez doskonały współczynnik r2 (Figura 4A), podczas gdy podobnej korelacji nie uzyskano, gdy porównano gruczoły wk22nt i wk10nt (Figura 4B). W celu zidentyfikowania zróżnicowanych ekspresji genów, do zestawu danych mikromacierzy zastosowano procedurę w kształcie lejka (21), a następnie analizę statystyczną (22). Dokonano walidacji statystycznej dla 2 179 zróżnicowanych zestawów sond (patrz dodatkowe informacje, odnośnik 23). Figura 4Stertergramy porównujące poziomy ekspresji 12 422 transkryptów badanych przy użyciu macierzy Affymetrix MG-U74A v2 w cio-nogach wk10nt, wk22nt i wk22pb z gruczołów sutkowych. (A) Współczynnik r2 pokazuje wysoką korelację między zestawami danych wk22pb i wk10nt. (B) Współczynnik r2 nie wykazuje żadnej korelacji między zestawami danych wk22nt i wk10nt. Hierarchiczne grupowanie i PCA. Wirtualne eksperymenty z dwoma barwnikami (27) zostały wygenerowane przez porównanie ekspresji genu związanego z zmianą nowotworową HER-2 / neu gruczołów wk10nt, wk22nt i wk22pb powiązanymi z hormonalną hiperplazją gruczołów wk2prg. Replikaty rozpatrywano indywidualnie, uwzględniając ich różnice biologiczne. Aby zmniejszyć wymiarowość podczas filtrowania szumu, modele ekspresji genów zostały przeanalizowane przez PCA (24), eksploracyjną wielowymiarową technikę statystyczną pierwotnie wprowadzoną przez Pearsona (28-30). PCA profili genowych (rysunek 5, A i B) grupuje geny tylko w dwóch dużych klastrach. Hierarchiczna analiza grupowania 2D (25) pokazuje, że w klastrze pogrupowano wszystkie zestawy sond downmodulated w wk22nt w odniesieniu do wk22pb (Figura 5C), a w klastrze 2 (Figura 5 D) zgrupowano wszystkie zestawy sond upmodulated w wk22nt w odniesieniu do wk22pb. Co więcej, hierarchiczne grupowanie 2D pokazuje, że wzory ekspresji gruczołów wk10nt i wk22pb są bardzo podobne, szczególnie w grupie 2 PCA (Figura 5D) i wyraźnie różnią się od gruczołów wk22nt. Pomimo tej znacznej homologii profili ekspresji genów, 69 zestawów sond, zlokalizowanych w pięciu podgrupach (Figura 6), wykazywało jedynie zwiększenie ekspresji w gruczołach wk22pb. Wszystkie zestawy sond w klastrach a, b i d są powiązane z genami Ig (patrz tabela 1). Warto zauważyć, że w klastrze c mamy gen kodujący inhibitor leukoproteazy sekrecyjnej (SLPI, LocusLink ID 20568), którego główną rolą fizjologiczną jest ochrona tkanek przed proteazami w miejscach zapalenia (31). SLPI jest wytwarzany przez komórki wydzielnicze w gruczołach oddechowych, narządów płciowych i łzowych, oraz przez komórki zapalne, które obejmują makrofagi, neutrofile i komórki B (31). Powiązane z obecnością komórek zapalnych są również białka kodowane przez geny w klastrze e. Szczególne znaczenie ma EMP3 (LocusLink ID 13732), zaangażowany w kaskadę zapalną w monocytach i wyrażany w dojrzałej śledzionie myszy i grasicy (32); czynnik wzrostu midkiny (LocusLink ID 17242), który promuje migrację makrofagów i neutrofili (33); i coronin (LocusLink ID 23789), którego ekspresja jest ograniczona do komórek krwiotwórczych i bierze udział w tworzeniu wakuoli fagocytujących (34). Również w klastrze e oznacza gen kodujący linker aktywacji komórek T (LAT, LocusLink ID 16797), jedno z najważniejszych białek ufosforylowanych przez tyrozynę wykrytych po zaangażowaniu receptora komórek T (35). Rysunek 62D hierarchiczne grupowanie klastra PCA 1. Opis genów badanych przez zestawy sond przedstawiono w tabeli 1. Tabela Lista zestawów sond wykrytych modulowanych w gruczołach sutkowych wk22pb w odniesieniu do myszy wk10nt i wk22nt Dyskusja BALB-neuT myszy są genetycznie predestynowane do śmierci z powodu wielu, szybko rosnących, inwazyjnych i przerzutowych raków, które pojawiają się we wszystkich gruczołach sutkowych
[hasła pokrewne: sezam właściwości lecznicze, na czym polega rezonans magnetyczny, sanatoria nad morzem nfz ]
[więcej w: ciśnienie atmosferyczne a samopoczucie, biedronka świątniki górne, mozga kanaryjska gdzie kupić ]